Cốt truyện chính xoay quanh những mặt đối lập và thống nhất giữa cái thiện và cái ác, giữa ngày và đêm, giữa đàn ông và đàn bà, giữa đam mê và ý chí... và để đến được với ái tình, cả Tamino và Pamina đều phải trải qua rất nhiều những thử thách khắc nghiệt. Ðây là một huyền thoại không dành riêng cho sắc tộc, cá nhân hay xã hội nào, mà mang tính nhân bản sâu xa. Vở nhạc kịch không xây dựng những con người tốt hay xấu, mà các nhân vật trong đó đều có tính cách giao thoa giữa các mặt đối lập và thống nhất[8].

Mối tình giữa chàng hoàng tử Tamino và nàng Pamina xinh đẹp. Tamino trong một lần bị rắn thần săn đuổi đã được các thị nữ của Nữ hoàng Bóng Đêm cứu sống. Để trả ơn, chàng cùng với gã săn chim Papageno tốt bụng đi cứu nàng Pamina - lệnh ái Nữ hoàng Bóng Đêm - đang bị bắt cóc bởi một thế lực đen tối ở vương quốc do Sarastro trị vì[9].

Trên đỉnh núi quạnh quẽ kia có vị vua đương hấp hối. Hành động cuối cùng của ngài là truyền lại Bảy Quầng Sáng Mặt Trời - nguồn gốc trí tuệ và quyền lực. Chầu quanh ngài có bà hậu - Nữ hoàng Bóng Đêm, lệnh ái Pamina, cùng Sarastro - đức giáo phụ.

— Tựa[10]

Chương 1

• Cảnh 1: Miền hoang địa

Tamino, một hoàng tử khôi ngô bị lạc trong một vùng đất xa xôi hẻo lánh, bị truy đuổi bởi một con quỷ và cầu xin các vị thần cứu lấy anh ta. Hoàng tử ngất đi và ba người đàn bà, những người hầu của Nữ hoàng Bóng Đêm, xuất hiện và đã giết con quỷ. Họ ngưỡng mộ Tamino bởi anh rất đẹp trai và trẻ tuổi. Một người trong số họ cố gắng thuyết phục hai người còn lại trở về kể lại cho bà chủ của họ về chàng hoàng tử trẻ này. Sau khi tranh cãi, họ quyết định trở về cùng nhau.

Tamino tỉnh dậy, nghe thấy ai đó đang tiến đến và lặng lẽ. Papageno bước vào, mặc bộ quần áo lông chim. Ông ta kể về cuộc sống hạnh phúc của mình như một người đi bẫy chim, nhưng cũng than phiền về mong ước có một người vợ, hoặc ít nhất cũng là một người bạn gái. Tamino xuất hiện và tự giới thiệu với Papageno, người mà lúc đầu anh nghĩ đã giết chết con rắn. Papageno vui mừng nhận lấy lời khen ngợi - anh ấy đã tuyên bố rằng đã bóp chết con quái vật bằng đôi tay trần của mình.

Ba người đàn bà xuất hiện trở lại và thay vì một bữa ăn hàng ngày với rượu vang, những quả sung và bánh ngọt của anh ta, thì họ lại mang đến cho Papageno nước, hòn đá và ống khóa mà họ đặt trên miệng của ông ta như một lời cảnh báo về sự nói dối. Họ đã kể với Tamino rằng họ đã giải cứu anh ấy thoát khỏi con rắn và đưa cho anh ta bức chân dung của cô con gái Pamina của Nữ hoàng Bóng Đêm. Ba người đàn bà biến mất và Tamino nhìn vào bức chân dung, chàng đã yêu Pamina ngay từ cái nhìn ấy.

Ba người đàn bà trở lại và nói với Tamino rằng Pamina đã bị bắt bởi Sarastro - người mà họ miêu tả là một con quỷ độc ác với sức mạnh to lớn, và mẹ của cô ấy đã trông chờ rất lâu để có thể gặp lại cô ấy. Tamino thề rằng anh ấy sẽ giải cứu Pamina. Nữ hoàng Bóng Đêm xuất hiện và nói với Tamino rằng Pamina sẽ là vợ của anh ấy nếu anh ta có thể giải cứu cô ấy từ mụ Sarastro. Sau khi Nữ hoàng Bóng Đêm biến mất, ba người phụ nữ đã mở khóa trên miệng của Papageno, cảnh báo ông ta không được nói dối thêm bất cứ lần nào nữa. Họ đưa cho Tamino một cây sáo thần, nó sẽ bảo vệ anh trên hành trình của mình và có thể biến chuyển nỗi buồn thành niềm vui. Họ nói Papageno phải đi cùng với Tamino để giúp anh ta thực hiện nhiệm vụ giải cứu của mình và đưa cho anh ta những chiếc chuông ma thuật để tự vệ - những chiếc chuông sẽ mang niềm vui to lớn đến bất kì ai nghe thấy âm thanh của nó. Ba người đàn bà cũng ban cho họ ba thiên thần, chúng sẽ là người hướng dẫn cho Tamino và Papageno đến ngôi đền của Sarastro. Tamino và Papageno cùng nhau tiến về phía trước.

• Cảnh 2: Lâu đài Sarastro

Pamina, tay bị trói và bị bắt về làm nô lệ cho Sarastro. Monostatos nhìn cô và cho rằng cô ta chính là sức mạnh của mình. Hắn ra lệnh cho nô lệ cởi trói cho cô và để họ ở lại cùng nhau. Papageno, tiến thẳng về phía trước cùng với Tamino để giúp tìm Pamina, bước vào. Monostatos và Papageno có đôi chút sợ hãi bởi sự xuất hiện của người lạ và Monostatos đã bỏ trốn. Papageno thông báo cho Pamina biết rằng mẹ của cô ta đã nhờ Tamino đến đây để giải cứu cho cô. Pamina vui mừng khi biết được Tamino có tình ý với cô. Cô cảm thấy cảm kích và thông cảm đối với Papageno, người đã chờ đợi người vợ của mình suốt thời gian dài. Họ cùng nhau suy nghĩ về những niềm vui và nhiệm vụ thiêng liêng của tình yêu hôn nhân.

• Cảnh 3: Rừng già

Ba thiên thần dẫn Tamino đến ngôi đền của Sarastro, hứa rằng nếu anh ta vẫn kiên nhẫn, khôn ngoan và kiên định thì anh ta sẽ thành công trong việc giải cứu Pamina. Tamino vào bằng lối bên trái và đã bị một vị linh mục ở bên trong từ chối. Và cũng tương tự như thế khi anh ta đi vào bằng lối bên phải. Nhưng từ lối vào ở giữa, một diễn giả xuất hiện và cho phép Tamino vào. Người diễn giả nói với Tamino rằng Sarastro là một tù nhân, không phải là phù thủy và rằng anh ta không nên tin lời của Nữ hoàng Bóng Đêm. Ông ta bỏ đi, nói rằng Tamino hãy tin tưởng vào sự khôn ngoan. Bên ngoài ngôi đền, Tamino chờ đợi đêm tối mau chóng kết thúc để tìm kiếm Pamina. Một giọng nói từ trong đền trấn an Tamino rằng Pamina vẫn còn sống. Tamino thổi chiếc sáo thần của mình. Các con thú xuất hiện và nhảy múa, mê mẩn trong tiếng sáo của anh ta. Tamino nghe tiếng tẩu thuốc của Papageno và vội vã đi tìm ông ta.

Papageno và Pamina đang cố gắng tìm Tamino khi họ bị Monostatos và những nô lệ của hắn ta bắt giữ. Papageno rung những chiếc chuông ma thuật, và Monostatos cùng với nô lệ của hắn bắt đầu nhảy múa, bị mê hoặc bởi vẻ đẹp của âm nhạc. Papageno và Pamina nghe thấy âm thanh của đoàn tùy tùng của Sarastro. Papageno lo sợ và nói Pamina nghĩ cách để giải thích. Cô nói rằng họ phải nói sự thật. Sarastro bước vào, với một đám tùy tùng đi theo tung hô trí tuệ và sự công bằng của hắn.

Pamina quỳ xuống dưới chân của Sarastro và thú nhận rằng cố ấy đang cố gắng trốn thoát bởi Monostatos bày tỏ sự quan tâm của hắn ta đối với cô ấy. Sarastro chấp nhận lời nói của cô và đảm bảo với cô rằng hắn chỉ muốn cho cô được hạnh phúc. Nhưng hắn ta từ chối việc trả cô về với mẹ. Người mà hắn ta mô tả là một người phụ nữ kiêu căng, cứng đầu, và ảnh hưởng xấu tới những người xung quanh bà ta.

Monostatos đưa Tamino đến. Hai người yêu nhau nhìn nhau lần đầu tiên và ôm chầm lấy nhau gây ra sự phẫn nộ cho đám tùy tùng của Sarastro. Monostatos nói với Sarastro rằng hắn ta đã bắt được Papageno và Pamina đang cố gắng trốn thoát và đòi hỏi được thưởng công. Tuy nhiên, Sarastro đã trừng phạt Monostatos về hành vi thiếu tế nhị của hắn đối với Pamina và đuổi hắn ta đi. Hắn ta tuyên bố rằng Tamino phải trải qua các cuộc thử thách trí tuệ để xứng đáng trở thành chồng của Pamina. Các linh mục tuyên bố rằng đức hạnh và sự tha thứ sẽ thánh hóa cuộc sống.

Chương 2

• Cảnh 1: Dưới núi thiêng

Sarastro nói với các linh mục Tamino được cử đến để bảo vệ Đền thờ Thông thái trước Nữ hoàng Bóng Đêm và được tưởng thưởng người vợ là Pamina và Pamina đã bị bắt cóc vì lẽ đó. Hoàng tử đang chờ các thử thách. Tên gác ngục người Moor một lần nữa đuổi theo Pamina. Nhưng nghe giọng Nữ hoàng Bóng Đêm, hắn ta liền bỏ chạy. Nữ hoàng thất vọng vì hoàng tử Tamino muốn cống hiến cho ngôi đền và yêu cầu con gái tác động, nhưng Pamina từ chối. Nữ hoàng dọa từ con gái nếu cô không giết pháp sư.

• Cảnh 2: Trong thần điện

Trong đền thờ, hoàng tử và Papageno bắt đầu thử thách đầu tiên – phải im lặng. Pamina nghĩ hoàng tử ngừng yêu. Thử thách thứ hai – người ta nói với Tamino rằng anh phải nói lời chia tay với Pamina mãi mãi. Anh nói bỏ cô. Papageno tìm thấy cô gái tuyệt vời là Papagena cho mình. Pamina muốn chết, nhưng ba bé trai thiên thần khuyên can. Hoàng tử trải qua thử thách cuối cùng: đi qua lửa và nước. Pamina xuất hiện để đi cùng với anh. Sáo thần giúp đỡ họ. Papageno bị trừng phạt, anh mất Papagena, định tự tử nhưng, ba bé trai thiên thần cứu, nhắc anh dùng chuông bạc ma thuật đòi lại người yêu. Nỗ lực cuối của Nữ hoàng Bóng Đêm là hứa gả con gái cho tên cai ngục người Moor, nếu điều đó giúp phá đền thờ. Nhưng, ngày Nữ hoàng Bóng Đêm mất hết quyền lực đã điểm. Bóng đêm qua đi, mặt trời đã mọc. Các linh mục ca ngợi lòng tốt và sự hiểu biết của Sarastro.